【手順】
① ふるさと納税をしたい地方公共団体に申し出をします。寄付先は基本的にはどの自治体に対するものでも対象となります。申し出の方法は、メールやFAX、郵送、電話、直接窓口へ行くなど、各自治体によって異なります。詳しくは各自治体のホームページをご覧ください。
② 支払後、ふるさと納税先の自治体から、確定申告用の領収書などが郵送で届きます。
③ 控除を受けるために確定申告手続きをします。

【控除の概要】
ふるさと納税は、「納税」という言葉がついていますが、法律上は寄附金として取り扱われます。そのため、寄附した額が税金より控除されます。
①　所得税
寄附金額の合計が所得金額の40％を限度として、所得控除がされる。（還付される）
（A）所得税の控除＝（寄附金－2000円）×「所得税の限界税率」
（B）復興特別所得税分＝「A：所得控除」×「復興特別所得税率2.1％」
②　住民税
個人住民税の控除は基本控除と特例控除があります。
（C）基本控除＝（寄附金－2000円）×10％
（Ｄ）特例控除＝（寄附金－2000円）×（100％－「基本控除率10％」－「所得税の限界税率」×（100％＋復興特別所得税率2.1％）
＝ (寄附金－2000円）×（90％－「所得税の限界税率」×1.021）
特例控除とは、①所得税、②住民税（基本控除）で控除できなかった寄付金額を控除するものです。

【その他】
現在ふるさと納税がマスコミ等で話題となっているのは、ふるさと納税を行った自治体より、特産品等が送られてくる場合があり、それが控除額との関係で「お得感」があるということです。
納税者の課税所得によりますが、仮に40,000円寄付したとして、税金等の控除が38,000円があったとした場合、送られてくる特産品の経済価値が2,000円以上であれば得をしたということです。（制度の本来の趣旨とは関係のない話ですが）
送られてくる特産品自体は、所得税法上の一時所得の収入に加算されることになるのですが、他に一時所得の収入がない場合は通常課税されないことになります。