新設法人の基準期間がない第１期と２期で、その事業年度開始日の資本金が1,000万円未満の場合には、原則として、消費税の納税義務は免除されます。

新設法人の消費税の納税義務は、原則として、基準期間における判定と特定期間における判定によって判断されます。

１．基準期間における判定
新設法人の場合、法人の設立後、第１期と第２期は基準期間（※１）がありませんので、原則として、消費税の納税義務は免除されます。ただし、その事業年度の基準期間のない法人であっても、その事業年度開始の日における資本金が1,000万円以上の場合には、納税義務は免除されません。
（※１）基準期間とは、法人は原則として前々事業年度、個人は前々年のことです。

２．特定期間における判定
平成25年1月1日以後に開始する事業年度からは、上記１の要件に加えて、前事業年度開始の日からの６ヶ月間（特定期間という）の課税売上高が1,000万円を超えた場合には、課税事業者になります。ただし、この特定期間の課税売上高に代えて、給与等支払額の合計額により判定することもできます。
したがって、第２期であっても、特定期間における課税売上高または給与等支払額が1,000万円を超えると、消費税の納税義務があります。
第１期の事業年度が、7ヶ月以下である場合には、その期間は特定期間には該当しないため、消費税の納税義務はありません。

特定新規設立法人の納税義務の免除の特例
新設法人の場合は、基準期間のない事業年度で、その事業年度開始の日の資本金が1,000万円未満のときは、原則として消費税の納税義務は免除されますが、事業年度開始の日における資本金の額が1,000万円未満であっても、特定新規設立法人に該当する法人については、その基準期間のない事業年度については、消費税の納税義務が免除されません。
特定新規設立法人とは、その事業年度の基準期間がない法人で、その事業年度開始の日における資本金の額が1,000万円未満の法人のうち、以下の１と２の両方に該当する法人です。
基準期間のない事業年度開始の日において、他の者に発行済株式等の50％超を直接または間接に保有される場合など他の者から支配される一定の場合に該当すること
当該他の者とこれと一定の特殊関係にある法人のうちいずれかの者の基準期間に相当する期間における課税売上高が5億円を超えていること
この特例は、平成26年4月1日以後に設立される法人について適用されます。

調整対象固定資産を購入した場合
新設法人が、課税事業者を選択した場合又は資本金1,000万円以上の法人を設立した場合に、基準期間がない事業年度（第１期及び第２期）において、購入価額が100万円以上の固定資産（調整対象固定資産）を購入し、かつ、その購入した日の属する課税期間の消費税の申告を一般課税で行った場合には、その調整対象固定資産を購入した日の属する課税期間の初日から、原則として3年間は、免税事業者となることはできません。また、簡易課税制度を選択して申告することもできません。
したがって、新設法人が多額の初期投資をして一般課税を選択した事業年度は、消費税の還付を受けられることが多いですが、その消費税の還付額とその後の２事業年度の消費税の納付額を考慮した上で有利判定して、設立計画を立てる必要があると思われます。