住宅取得等資金贈与の非課税特例を受けた場合で、かつ住宅ローン控除の適用がある場合には一定の制約があります。

住宅取得代金は本人負担額をベースするのが原則です。
住宅取得代金より「住宅取得等資金贈与の非課税特例額」を控除した金額と住宅ローン残高を比較して、いずれか少ない金額をベースに住宅ローン控除の計算を行います。

制約のあるケース・具体例
（取得額）
住宅の取得　　4,000万円
諸経費　　　　　300万円
（購入資金の調達）
住宅資金贈与　1,000万円
住宅ローン　　3,300万円

このようなケースでは、住宅ローン控除の対象となる住宅取得資金は3,000万円となります。（4,000万円－1,000万円）。
年末に住宅ローンの残高が3,200万円残っていたとしても、ローン控除の対象額は、3,000万円です。

但し、一般贈与が行われた場合はこのような制約はありません。