従業員が退職したら、原則として退職者の特定個人情報が記載された書類は廃棄しますが、廃棄する前に特定個人情報に関する書類を作成する必要があります。
中途退職者に対して作成しなければならない書類として、税務の観点からは、給与所得の源泉徴収票と退職所得の源泉徴収票があります。

税や社会保障に関連する事務処理が不要になれば、マイナンバーを記載した書類・データを、会社は速やかに廃棄・削除しなければなりません。ただし、所管法令で保存期間が定められている書類は、保存期間が経過するまでマイナンバーとともに保管しておきます。従業員が退職したら、すぐ廃棄するわけではありません。

個人番号を廃棄・削除する条件
以下の2つを満たしたら、会社は、従業員のマイナンバーを廃棄・削除しなければなりません。
（1）個人番号関係事務を処理する必要がなくなった場合
（2）所管法令において定められている保存期間を経過した場合
なお、保存期間が定められていない書類・データは、個人番号関係事務を処理する必要がなくなった時点で廃棄・削除します。
（2）の時点経過後も、これらの書類を保管する場合は、マイナンバーについてはマスキングするなどの対応が必要となります。

主な書類ごとの法定保存期間は以下の通りです。
• 給与所得の源泉徴収票：7年間
• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書：7年間
• 給与所得者の保険料控除申告書 兼 給与所得者の配偶者特別控除申告書：7年間
• 給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書：7年間
• 雇用保険に関する書類：4年間
• 労災保険に関する書類：3年間
• 健康保険、厚生年金保険に関する書類：2年間
やめる従業員としては、退職後もマイナンバーを保管されると心配でしょう。大切なのは、退職する従業員に対して、以下の点を事前に説明しておくことです。
• 法定保存期間が経過するまでは会社でマイナンバーを保管する旨
• マイナンバーの流出・漏えいを防ぐ適切な安全管理措置を講じる旨
• 法定保存期間が経過したら、確実にマイナンバーを廃棄する仕組みとなっていること